Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg und die Evangelische Hochschule für Kirchenmusik sind seit dem Jahre 2001 durch einen Kooperationsvertrag miteinander verbunden und führen einen gemeinsamen Studiengang, den Kombistudiengang Bachelor Kirchenmusik / Lehramt Musik an Gymnasien. Auch Studierende der kirchenmusikalischen Studiengänge besuchen planmäßig Vorlesungen am Institut für Musik der Martin-Luther-Universität. Auf dem Gebiet des künstlerischen Einzelunterrichtes kooperieren beide Institute miteinander durch Austausch von Dozenten; darüber hinaus sind Gasthörerschaften für Seminare, Vorlesungen und Gruppenunterricht beidseitig möglich.